卷第一叙论太阳证阳明证少阳证太阴证少阴证厥阴证两感证三阴三阳传病证卷第二可发汗证不可发汗证四逆证和表证可下证（血证附）不可下证可水不可水证可吐不可吐证可灸不可灸证可火不可火证可温证火邪证卷第三结胸证心
卷一第一证 伤寒脉证总论歌第二证 伤寒病证总类歌第三证 表证歌第四证 里证歌第五证 表里寒热歌第六证 表里虚实歌第七证 急救表里歌第八证 无表里证歌第九证 表里水歌第十证 表里两证俱见歌第十一证 三阴
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
医方歌括
贾序范序查序鲁序全书纪略卷之一入集 传忠录（上）明理（一）阴阳篇（二）六变辩（三）表证篇（四）里证篇（五）虚实篇（六）寒热篇（七）寒热真假篇（八）十问篇（九）论治篇（十）气味篇（十一）卷之二入集 传忠
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总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
简介叙题辞序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八跋
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弁言杨序总评卷上卷下书《人身图说》后书《医林改错》后书《医林改错》后读《全体新论》