正文太虚理气天地阴阳歌五行质气生克制化歌运气合脏腑十二经络歌主运歌主气歌客运歌客气司天在泉间气歌运气分主节令歌五音主客太少相生歌五运齐化兼化六气正化对化歌六十年运气上下相临歌起主客定位指掌歌天符太乙天
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
炮炙全书
序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁大麻仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
徐序自序凡例卷之一提纲门中风似中风伤风中寒暑症湿症燥症火症卷之二内因门气症血症痰症饮症伤食伤酒郁症脾胃劳倦虚损痨瘵虫病卷之三外体门发热恶寒汗病疟疾斑疹黄病水肿破伤风疠风痹症痛风麻木病卷之四上窍门眩晕头
新雕百一选方序奉敕校正百一选方表《曝书亭集》所载《百一选方》跋百一选方序是斋百一选方序新刊续添是斋百一选方目录卷之一第一门（丹药）三神丹法太素丹白丹金液丹太上紫霞丹水金丹雄朱丹蜀仙丹资寿小金丹第二门（
卷一妇女逐年经症室女十三四岁行经室女十五六岁妇女十七八岁妇人十九二十嫁出时妇人二十一二妇人二十三四妇人二十五六妇人二十七八妇人二十九三十妇人三十四五妇人三十六七妇人三十八九妇人五十一二卷二诊妇人有孕论
内容提要生理学合参卷一一、西医生理学脑血液皮肤消化器循环器呼吸器排泻器神经系五官器生殖器二、中医生理学五脏六腑此外病理学合参卷二一、热二、痛三、血四、呕吐五、谵语六、泻七、肿，胀八、汗九、头痛十、咳嗽
引凡例卷一上五脏六腑仰人尺寸（图缺）伏人尺寸（图缺）手足阴阳流注中指同身寸法手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经卷一下足少阴肾经手厥阴心包络经手少阳三焦经足少阳