自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
卷一序论卷二卷三卷四黄父一疽论相痈疽知是非可灸法相痈知有脓可破法卷五
序刻脉症治方序刻脉症治方小言脉症治方凡例卷之一风门（中风瘫痪疠风惊风附 伤风）中风（附瘫痪疠风惊风）伤风卷之一寒门（伤寒 中寒 瘟疫大头病附 内伤脾胃附）伤寒中寒温疫（大头病附）内伤（脾胃附）卷之二暑
序自序小儿要略论看小儿病状歌虎口三关古人辨色看危症法小儿正面初生门脐风门惊风门胎热门发热门感冒门伤风门伤寒门伤暑门伤食门咳嗽门喘急门咳血门呕吐门霍乱门吐泻门泄泻门痢疾门腹痛门疟疾门疳积门痫症门烦渴门腹
叙静功静功妙药醒语静功妙药八懿静功妙药前珍静功妙药九种闭息导引八段锦八段锦诗十六字三字六字十二字七返九还袁了凡静功诀纪验纪验二刻
脉诀阐微
叙凡例补益之剂（十首、附方七）四君子汤升阳益胃黄鳖甲秦艽鳖甲秦艽扶羸汤紫菀汤百合固金补肺阿胶小建中汤益气聪明汤发表之剂（十四首、附方八）麻黄汤桂枝汤大青龙汤小青龙汤葛根汤升麻葛根汤九味羌活十神汤神术散
治愈半身不遂一例治愈智迟一例治愈胆虚一例治愈呆病一例治愈高热一例治愈胃脘痛一例治愈梅核气一例治愈脏躁一例治愈偏枯一例治头风一例
弁言杨序总评卷上卷下书《人身图说》后书《医林改错》后书《医林改错》后读《全体新论》